オンラインでのやりとりあっても、合意があれば法律上は契約が成立します。
ただ書面への署名がない分「合意があった事実」をどう保存しておくかが問題です。
法律的な観点からは、メールでのやりとりが残っているだけでも証明は可能ですので、専門のWEBサービスを導入して「合意があった事実」を残しておくのか、メール等を用いてシンプルに残しておくのかは会社さんごとのご判断だと思います。
つまり、まとめると、オンラインでの打ち合わせや受注自体は、法的に心配することはあまりありません。ただ、後から「合意があった事実」を証明する方法だけは、対面での打ち合わせや受注より配慮が必要です。